1892

基督医院

1892.10 - 1913.12

1890年，受基督会派遣来宁的加拿大籍医师威廉姆·爱德华·麦克林（W.E.Macklin）获国人景维行捐50余亩地，并获得国人庄效贤等人慷慨捐助款项，开始兴建一座砖木结构四层楼房，1892年底落成，命名为基督医院。

1914

金陵大学鼓楼医院

1914.1— 1927.4

1914年元旦，金陵大学医科董事部与大学理事部会商，出价27000元金洋购进基督医院，更名为金陵大学鼓楼医院。1918年医院开办高级护士学校。至1919年，鼓楼医院有床位100张，年收治住院病人1747人次，门诊25275人次。

1927

南京市立鼓楼医院

1927.4 - 1928.7

北伐战争之后，南京国民政府接收医院，1927年4月，更名为南京市立鼓楼医院，国民革命军军医处长陈方之执掌院务，医院承担免费救治军队伤病员任务。

1928

金陵大学鼓楼医院

1928.8 - 1941.12

由于医院免费收治大量军队伤病员，办院经费政府不予解决，医院无法维持正常医疗活动，医院通过外交途径，在宋美龄干预下，1928年8月鼓楼医院归还金陵大学并复名。

1941

同仁会南京鼓楼医院

1941.12 - 1945.9

1941年12月，日本宪兵队与日本同仁会南京诊疗班共计55人侵占医院，医院更名为同仁会南京鼓楼医院。同时，护士学校也改名为同仁会看护学校。

1945

金陵大学鼓楼医院

1945.9— 1951.6

1949年4月，南京解放，医院仍由金陵大学管辖，但各教会援助停止，经费发生暂时困难，院董事会研究拟出卖医院库存物资来解决燃眉之急，但随后被市总工会制止，人民政府贷款贰亿三千万元（旧币）帮助医院渡过难关。1950年8月，陈祖荫博士出任院长。年底，美籍人员全部离院回国。

1951

南京市人民鼓楼医院

1951.6— 1967.1

1951年6月12日，南京市人民政府军事管制委员会宣传接办鼓楼医院，易名为南京市人民鼓楼医院。1951年夏，成立中共鼓楼医院支部。金陵护校划归市卫生局领导，更名为南京市护士学校。 1958年秋，鼓楼医院为南京市第二医学院附属医院。 1961年成立中共鼓楼医院党委。

1967

南京市反帝医院

1967.1— 1972.1

文革期间，医院于1967年1月 更名为南京市反帝医院。

1972

南京市鼓楼医院

1972.1— 2014.5

1972年初，恢复院名为南京市鼓楼医院；
1987年5月，鼓楼医院成为南京大学医学院附属医院；
1989年鼓楼医院又被命名为南京市红十字中心医院。

2014

南京鼓楼医院

2014.5 至今

2014年5月19日，经南京市人民政府和江苏省卫生厅批准，医院正式更名为“南京鼓楼医院”。